Marcos je cijelu karijeru proveo u Palmeirasu s kojim je osvojio dva naslova brazilskog prvaka, kao i Copu Libertadores 1999. godine. Za reprezentaciju Brazila je odigrao 29 utakmica, a na Svjetskom prvenstvu u Japanu i Južnoj Koreji 2002., na kojem je ''seleçao'' osvojio svoj peti i posljednji naslov, bio je prvi vratar. Četiri je utakmice na tom natjecanju završio bez primljenog pogotka, uključujući i finalnu u kojoj je Brazil pobijedio Njemačku s 2:0.

Palmeiras je najavio da će organizirati Marcosu oproštajnu utakmicu čiji datum održavanja još uvijek nije poznat.