Počeo je Puyol trčati nekoliko tjedana prije no što je bilo planirano. Osim toga, na svom je Twitter-profilu objavio da pri trčanju ne osjeća nikakve poteškoće.

Problem s tetivom u lijevom koljenu Puyol je dao kirurškim zahvatom odstraniti početkom lipnja. Odlučio se na to jer je tijekom prošle proljetne sezone propustio puna tri mjeseca. Ozlijedio se u siječnju tijekom dvoboja protiv Racing Santandera na Nou Campu.

U završnici je sezone Puyol nastupao povremeno, uz komplikacije. U finalnom je dvoboju Lige prvaka protiv Manchester Uniteda ušao u posljednjim sekundama utakmice.