Prvo pojavljivanje Perišića pred sudom, na kojem se treba izjasniti o krivnji, još nije zakazano, navedeno je iz istog izvora.
Haški sud optužio je Perišića (61) u 13 točaka za progon na političkoj, vjerskoj ili rasnoj osnovi, istrebljenje, ubojstva, nehumana djela i napade na civile kao zločine protiv čovječnosti i kršenje ratnog prava i običaja.
Optužnica se odnosi na razdoblje od 26. kolovoza 1993. do 24. studenoga 1998., kada je Perišić bio na čelu glavnog stožera Vojske Jugoslavije.
Tereti ga se po individualnoj i zapovjednoj odgovornosti zbog uloge koju su oficiri glavnog stožera VJ na službi u vojskama bosanskih i hrvatskih Srba, imali u opsadi i granatiranju Sarajeva od 1993. do 1995., raketiranju Zagreba u svibnju 1995. te pokolju Bošnjaka u Srebrenici 1995.
Prema optužnici, Perišić je kao najviši oficir u VJ s ukupnim ovlastima i odgovornostima za njezino funkcioniranje, planirao, poticao, počinio ili na druge načine pomagao i podržavao, planiranje, pripremu i počinjenje zločina za koje je optužen.
Ključ Perišićeve odgovornosti za ratne zločine koji su nad civilima počinile snage bosanskih Srba u Sarajevu i Srebrenici, te snage pobunjenih hrvatskih Srba u Zagrebu, optužnica nalazi u činjenici da su pripadnici zapovjednog kadra vojske RS, kao i vojske tzv. Krajine, bili oficiri Vojske Jugoslavije na službi u tim snagama.
Tako su oficiri VRS na čelu s generalom Ratkom Mladićem pripadali tzv. "30. Personalnoj upravi glavnog stožera VJ", dok su Milan Čeleketić i drugi oficiri vojske tzv. RSK bili pripadnici "40. Personalne uprave glavnog stožera VJ", navodi se u optužnici.
Tijekom drugih procesa pred ICTY-jem, posebno na suđenju Slobodanu Miloševiću, dokazano je da su za cijelog trajanja rata srpski oficiri na okupiranim područjima Hrvatske i BiH dobivali plaće, unaprijeđenja, odlikovanja, i sve kadrovske odluke iz Beograda.
Perišića je Županijski sud u Zadru 1996. u odsutnosti osudio na 20 godina zatvora zbog ratnog zločina nad civilnim stanovništvom počinjenim granatiranjem tog hrvatskog grada 1991.