Nikolić je bio vidno iznenađen i potresen visinom kazne, jer se radi o najvišoj kazni koju je ICTY do sada izrekao nekom od optuženika koji su priznali krivnju.
Nikolić je 9. svibnja 2003. u sporazumu s Tužiteljstvom priznao krivnju za progon kao zločin protiv čovječnosti, a optužba za genocid mu je povučena. Na raspravi o visini kazne optužba je predložila kaznu između 15 i 20 godina zatvora a obrana 10 godina.
Sudac Daqun je kazao kako vijeće nije dužno slijediti te prijedloge i da ih ne prihvaća jer "ne odražavaju ukupnost kriminalnog ponašanja za koje je Nikolić proglašen krivim".
Obrazlažući presudu, rekao je da je zločin progona izvršen ubojstvom više od 7.000 civila Bošnjaka, muškaraca, ali i žena, djece i staraca, u Potočarima, Bratuncu i Zvorniku, premlaćivanjem i teroriziranjem civila, uništavanjem njihove imovine i prislinim izgonom iz enklave.
"Likvidacije i progon stanovništva Srebenice počinjeni su s tolikim stupnjem surovosti i amoralnosti kakav nije viđen u dotadašnjem tijeku rata", rekao je sudac.
Nikolić je, po vlastitom priznanju, kao načelnik sigurnosti Bratunačke brigade VRS, bio u središtu zbivanja dok su trajale likvidacije, na sastancima je predlagao lokacije za pritvor i pogubljenje zarobljenika i imao je vrlo aktivnu ulogu u uspješnom izvršenju operacije. Mjesecima nakon likvidacija koordinirao je napore za premještaj leševa i uništavanje dokaza, rekao je sudac.
Kao otegotne okolnosti naveo je "nadređeni položaj Nikolića, gnusni karakter zločina i ranjivost žrtava", a kao olakotne "priznanje krivnje, kajanje i suradnju s Tužiteljstvom".
Ustvrdio je da je Nikolić potpuno surađivao u istrazi ali ne i prilikom svjedočenja na suđenju za genocid njegovim bivšim suoptuženicima, časnicima VRS Vidoju Blagojeviću i Draganu Jokiću.
Nikolić je potvrdio da su snage VRS, nakon što su osvojile Srebrenicu 11. srpnja 1995., po unaprijed utvrđenom planu i zapovjedi ubijale zarobljene Bošnjake. Priznao je da je 12. i 13. srpnja u Potočarima nadzirao razdvajanje srebreničkih muškaraca od žena i djece i njihovo pritvaranje, znajući da će biti ubijeni. Rekao je da su mu istoga dana zapovjednik VRS general Ratko Mladić i načelnik sigurnosti glavnog stožera VRS, pukovnik Ljubiša Beara, potvrdili da sve zarobljenike iz Srebrenice treba pobiti.